El palista zamorano no realizaba una buena primera vuelta, teniendo que remar a un ritmo alto para alcanzar al grupo de cabeza, al que se consiguió juntar mediada la segunda vuelta. A partir de ahí, Emilio Merchán viajó al ritmo de los de cabeza, alternándose la posición en numerosas fases del recorrido. En el primer porteo, el zamorano quedó rezagado, teniendo que hacer de nuevo un fuerte esfuerzo para alcanzar a los primeros.
Desde ese momento y hasta el final se mantuvoun grupo de cabeza de diez piragüistas, al que se unió el portugués Jose Ramalho tras una espectacular remontada en las dos últimas vueltas, desde la última posición. Emilio Merchán, aparentemente con cansancio físico acumulado, realizaba a última vuelta pegado al grupo de cabeza, intentando mantener el ritmo de la mejor forma posible.
En el último porteo el zamorano se descolgó a la novena posición, a mucha distancia de los líderes de la prueba. Finalmente, el oro fue para el sudafricano Andrew Birkett, la plata para el húngaro Adrian Boros y el bronce para el también sudafricano Jasper Mocke. Emilio Merchán entraba en novena posición.