Zamora cuenta con diez Zonas de Especial Protección para las Aves, conocidas por su acrónimo ZEPA, que abarcan más del 20% de la superficie de la provincia, y diecisiete Lugares de Importancia Comunitaria, denominados LIC, que comprenden el 16,25% de la provincia.
En total, son casi 290.000 hectáreas adscritas a la Red Natura 2000, lo que constituye más del 25% de la Comunidad autónoma.
Este es el listado de municipios zamoranos incluidos en la Red Natura 2000:
| Arribes del Duero - ZEPA | Argañín |
| Arribes del Duero - ZEPA | Fariza |
| Arribes del Duero - ZEPA | Fermoselle |
| Arribes del Duero - ZEPA | Fonfría |
| Arribes del Duero - ZEPA | Gamones |
| Arribes del Duero - ZEPA | Moral de Sayago |
| Arribes del Duero - ZEPA | Moralina |
| Arribes del Duero - ZEPA | Pino del Oro |
| Arribes del Duero - ZEPA | Torregamones |
| Arribes del Duero - ZEPA | Villadepera |
| Arribes del Duero - ZEPA | Villalcampo |
| Arribes del Duero - ZEPA | Villar del Buey |
| Arribes del Duero - ZEPA | Villardiegua de la Ribera |
| Campo de Aliste | Figueruela de Arriba |
| Campo de Aliste | Mahide |
| Campo de Aliste | Rabanales |
| Campo de Aliste | San Vicente de la Cabeza |
| Campo de Aliste | San Vitero |
| Cañones del Duero | Almaraz de Duero |
| Cañones del Duero | Moral de Sayago |
| Cañones del Duero | Moralina |
| Cañones del Duero | Muelas del Pan |
| Cañones del Duero | Pereruela |
| Cañones del Duero | Villaseco del Pan |
| Lago de Sanabria y alrededores - ZEPA | Cobreros |
| Lago de Sanabria y alrededores - ZEPA | Galende |
| Lago de Sanabria y alrededores - ZEPA | Porto |
| Lago de Sanabria y alrededores - ZEPA | Trefacio |
| Lagunas de Villafáfila | Cañizo |
| Lagunas de Villafáfila | Cerecinos de Campos |
| Lagunas de Villafáfila | Manganeses de la Lampreana |
| Lagunas de Villafáfila | Revellinos |
| Lagunas de Villafáfila | San Agustín del Pozo |
| Lagunas de Villafáfila | San Martín de Valderaduey |
| Lagunas de Villafáfila | Tapioles |
| Lagunas de Villafáfila | Villafáfila |
| Lagunas de Villafáfila | Villalba de la Lampreana |
| Lagunas de Villafáfila | Villárdiga |
| Lagunas de Villafáfila | Villarrín de Campos |
| Llanuras del Guareña | Argujillo |
| Llanuras del Guareña | La Bóveda de Toro |
| Llanuras del Guareña | Cañizal |
| Llanuras del Guareña | Castrillo de la Guareña |
| Llanuras del Guareña | Fuentelapeña |
| Llanuras del Guareña | Fuentespreadas |
| Llanuras del Guareña | Gema |
| Llanuras del Guareña | Guarrate |
| Llanuras del Guareña | Jambrina |
| Llanuras del Guareña | El Pego |
| Llanuras del Guareña | El Piñero |
| Llanuras del Guareña | San Miguel de la Ribera |
| Llanuras del Guareña | Vadillo de la Guareña |
| Llanuras del Guareña | Vallesa de la Guareña |
| Llanuras del Guareña | Villaescusa |
| Penillanuras-Campos Norte | Castroverde de Campos |
| Penillanuras-Campos Norte | Villanueva del Campo |
| Penillanuras-Campos Sur | Castrogonzalo |
| Penillanuras-Campos Sur | Castroverde de Campos |
| Penillanuras-Campos Sur | Cerecinos de Campos |
| Penillanuras-Campos Sur | Fuentes de Ropel |
| Penillanuras-Campos Sur | Prado |
| Penillanuras-Campos Sur | Quintanilla del Olmo |
| Penillanuras-Campos Sur | San Esteban del Molar |
| Penillanuras-Campos Sur | Vega de Villalobos |
| Penillanuras-Campos Sur | Vidayanes |
| Penillanuras-Campos Sur | Villalobos |
| Penillanuras-Campos Sur | Villamayor de Campos |
| Penillanuras-Campos Sur | Villanueva del Campo |
| Penillanuras-Campos Sur | Villar de Fallaves |
| Sierra de la Cabrera - ZEPA | Espadañedo |
| Sierra de la Cabrera - ZEPA | Muelas de los Caballeros |
| Sierra de la Cabrera - ZEPA | Rosinos de la Requejada |
| Sierra de la Cabrera - ZEPA | San Justo |
| Tierra del Pan | Belver de los Montes |
| Tierra del Pan | Bustillo del Oro |
| Tierra del Pan | Cañizo |
| Tierra del Pan | Castronuevo |
| Tierra del Pan | Malva |
| Tierra del Pan | Pobladura de Valderaduey |
| Tierra del Pan | Vezdemarbán |
| Arribes del Duero | Argañín |
| Arribes del Duero | Fariza |
| Arribes del Duero | Fermoselle |
| Arribes del Duero | Fonfría |
| Arribes del Duero | Gamones |
| Arribes del Duero | Moral de Sayago |
| Arribes del Duero | Moralina |
| Arribes del Duero | Pino del Oro |
| Arribes del Duero | Torregamones |
| Arribes del Duero | Villadepera |
| Arribes del Duero | Villalcampo |
| Arribes del Duero | Villar del Buey |
| Arribes del Duero | Villardiegua de la Ribera |
| Arribes del Duero | Villaseco del Pan |
| Campo de Aliste | Figueruela de Arriba |
| Campo de Aliste | Mahide |
| Campo de Aliste | San Vitero |
| Cañones del Duero | Almaraz de Duero |
| Cañones del Duero | Moral de Sayago |
| Cañones del Duero | Muelas del Pan |
| Cañones del Duero | Pereruela |
| Cañones del Duero | Villalcampo |
| Cañones del Duero | Villaseco del Pan |
| Lago de Sanabria y alrededores | Cobreros |
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