La Real Cofradía del Santo Entierro tuvo una serie de antecedentes durante todo el siglo XVI. Siempre ha desfilado en la tarde del Viernes Santo. Durante esta primera etapa, la cofradía se presenta con una perfecta estructura gremial, en la que todos sus miembros trabajan la seda, divididos en categorías de oficiales y maestros.
Carácter reconocido por el propio obispo que, en sus visitas, señala que se trata de una hermandad de legos todos de un oficio; y que se acentúa desde el momento en que se exige para el ingreso en ella pasar un examen en el telar en presencia de tres maestros sederos. Ese carácter gremial inicial, hizo que externamente fuera bastante distinta a las demás.
Su sede fue la Iglesia de San Esteban, localizada en la zona donde se asentaban los sederos, hasta mediados del s. XX, cuando se desubica del barrio tras la venta de su panera (local donde se guardaban sus grupos escultóricos) y sus pasos se trasladan al Museo de Semana Santa.
Desde la aprobación de sus últimos estatutos, la sede canónica ha vuelto a la Iglesia de san Esteban. Sus miembros nunca se disciplinaron en público ni usaron un hábito para desfilar, y su itinerario no iba a la Catedral.
La crisis de la industria textil sedera del primer tercio del siglo XVII afectó duramente a la Cofradía, que tuvo que llevar a cabo una ligera reforma en 1.614, seguida de otra muy profunda en 1.626, año en que se ve disminuir el número de sus miembros de 72 a 35. En esa reforma se decide la entrada de todo tipo de cofrades, aunque los sederos siguieran teniendo un papel preponderante. Con ello experimenta una sensible mejora, con aumento del número de miembros, que se duplican, gran incremento de los ingresos, adquisición de nuevas imágenes y reforma de los grupos escultóricos existentes.
Periodo coincidente con el nacimiento y vida de una Hermandad Auxiliar de Clérigos, con lo que la cofradía principal se garantizaba la celebración solemne de sus cultos y sufragios. En estos momentos aparecen ya siete pasos: La Magdalena, el Longinos, el Descendimiento, el Descendido, la Cruz, San Juan y Nuestra Señora y el Santo Entierro. Pasos que se mantendrían a lo largo del tiempo, excepción hecha de San Juan y Nuestra Señora, que es sustituido durante unos años por la Virgen de los Clavos, y la Cruz.
El siglo XVIII va a llevarla a una crisis cada vez más profunda, hasta el punto desde 1.743 no se dan las cuentas y en 1.750 puede considerarse por suprimida la cofradía, pues solamente quedaron dos miembros y fueron embargados todos sus objetos de valor. En 1.771 se restablece la cofradía con un carácter eminentemente moderno, con nuevos estatutos, a la vez que se realiza un fuerte cambio en sus aspectos externos. Aunque la falta de propiedades de estos momentos fue un grave problema, sirvió de estabilizador al producirse las desamortizaciones, pues a diferencia de otras muchas cofradías zamoranas, la del Santo Entierro no se vio en absoluto afectada.
A partir de 1.857 se produce un periodo de gran esplendor que va a llegar hasta 1.902, durante el cual se van a sustituir, por otros nuevos, seis de los pasos e incorporar otros dos nuevos; se van a estrenar mesas para todos; a cambiar el itinerario, a dotar a los cofrades de túnica, a hacer mantos y doseles o a reafirmar el carácter de procesión oficial de la Semana Santa a la cofradía.
Coincidiendo con el inicio de esta etapa se produce, sin embargo, una de las mayores desgracias para la hermandad. Una inmensa crecida del Duero en la noche del 29 al 30 de diciembre de 1.860 arrasó la casa del administrador y con ella la mayor parte de alhajas, mantos y documentos. El siglo XX va a significarse como un periodo en que se van a ir afianzando las transformaciones producidas desde mediados del siglo XIX, hasta conseguirse la vitalidad de que vive la cofradía en estos momentos, destacando el otorgamiento en 1.925 por parte de S.M. Alfonso XIII del título de Real a la cofradía. Celebra Misa de difuntos e imposición de medallones a los nuevos hermanos el sábado previo al cuarto domingo de Cuaresma en la Santa Iglesia Catedral, lugar donde está expuesto al culto el Cristo Muerto de Álvarez de Duarte.
