Fundada en 1.651 a iniciativa de Claudio Gómez, Andrés de Rueda, Antonio Ruiz, José Flórez, Antonio Moreno y Francisco Guerrero. Le habría de servir de modelo otra que, con el título de Nazarenos, se había erigido en 1610 en la parroquial de San Vicente mártir, desaparecida pocos años después. Fijó su sede en la iglesia parroquial de San Juan de Puertanueva, en donde inicialmente se sirvió de la capilla que en 1596 mandase fabricar Jerónimo de Porras, si bien desde 1839 pasó a utilizar otra cedida por el Marqués de Valverde, Conde de Torrejón y de Casa Trejo hasta su demolición.
De esta capilla hoy no queda más que el arco de entrada y una reja del siglo XVI, que sirven de altar a la Virgen de la Soledad. Sus fines principales fueron costear el entierro de sus cofrades difuntos, y servir a Dios imitando su sagrada Pasión. Sus más destacados cultos fueron las pláticas cuaresmales, el Sermón de la Pasión y la procesión del Viernes Santo.
Esta salía de madrugada pasando primero por la Catedral para guiar sus pasos, ya extramuros de la ciudad, hasta el humilladero. A la procesión asistían los cofrades con túnica de holandilla negra, capillo bajo, cordón de esparto, rosario de mano y cruz a cuestas, es decir, como nazarenos. Inicialmente en la carrera tan sólo figuraron dos insignias o pasos: el titular, Jesús Nazareno y Nuestra Sra. de la Soledad.
Posteriormente se incorporaron otros: La Verónica (1653), La Desnudez (1668), y La Crucifixión (1669). Colocados en la carrera iban los estandartes, tantos como pasos, y las sordinas y tambores (dos parejas). Cerraban el cortejo los mayordomos, la música (de ordinario la Capilla de la Catedral), los capellanes y la justicia real.
El gobierno de la Cofradía se encomendaba cada año a dos mayordomos que presidían su junta, formada además por dos abades, cuatro cuatros de mayordomos, dos cuatros de cabildo, dos contadores y diez oficiales, llamados por ello dieces. Tres veces al año se reunía en junta general: el llamado Domingo de Lázaro, para la saca y reparto de la procesión; el Lunes de Pascua de Resurrección, para sancionar faltas habidas en la misma, y el día de Santa Cruz de mayo para el nombramiento de mayordomos y renovación de cargos.
Fue siempre cofradía numerosa y abierta a todo tipo de gentes, de ahí que en sus filas formasen clérigos (un obispo, canónigos, párrocos, monjas), nobles (regidores), burguesías (notarios, procuradores, mercaderes), artesanos (zapateros, sastres, tejedores, herreros, confiteros, curtidores, carpinteros) y simples jornaleros.
El ingreso en la cofradía obligaba al pago de una cuota de entrada; además los cofrades pagaban semanalmente otra de cuatro maravedíes para costearse su entierro, lo que le permitió formar un discreto patrimonio. Desde sus inicios, la Cofradía de Jesús Nazareno vulgo Congregación tuvo como principal imagen de devoción a La Soledad. Esta devoción se acrecentó a partir de la talla de la actual imagen en 1.886.
A comienzos de siglo, y con el fin de solemnizar la vela que tradicionalmente se celebraba el Sábado Santo, se acordó cambiar el escenario de este acto devocional de modo que en 1.909 fue llevada, al término de la procesión del Viernes Santo, a la Iglesia de la Concepción. Una vez realizada allí la referida vela, la Virgen era devuelta a su templo en una procesión popular. En esta manifestación espontánea hay que colocar el origen de la procesión de la tarde del Sábado Santo, cuyos Estatutos fueron aprobados canónicamente en el año 1.948.
